以前は、エンティティを一つずつクリックして、複数選択出来たのが、現在は１つ目を選択して、２つ目を選択すると、１つ目の選択が解除されます。
※Shiftキーを押しながらであれば、複数選択出来ます。
何か設定が変わったのでしょうか。

複数のエンティティを選択出来るようにする設定を解除されたと思います。
プロパティパレット上部にある、矢印アイコンの表示をご確認してください。
矢印のアイコンが一つだけの場合は、エンティティが一つのみの選択設定になります。

矢印が重なったアイコンの場合は、複数のエンティティが選択可能です。

このアイコンをクリックすると設定が切り替わります。