ARESで図面を保存する際に「この図面には旧バージョンでサポートされていないエンティティが含まれます。このエンティティは旧バージョンに保存できません。」というメッセージが出ます。
どうしたらいいでしょうか。

その図面には AEC オブジェクトが含まれていると思われます。

AEC オブジェクトとは以下の製品などの特有の機能で作成されたオブジェクトです。
Autodesk Architectur
Autodesk Civil 3D
Autodesk Map 3D

AEC オブジェクトは下位互換がないため、旧バージョンの AEC オブジェクトに変換できません。
そのため、旧バージョンに保存しても、AEC オブジェクトに関しては新しいバージョンのままですというメッセージになります。

そのまま保存していただいて問題ございません。